商户需要支付多少税款，才能让客人所开的3000元发票合法有效？

根据你经营的项目有关
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个体工商户开普通发票需不需要交税，要视情况而定：
1、如果个体工商户月营业额不超过3万元，就可以享受免征营业税和增值税的税收优惠，不需要交税；
2、如果开票金额加上未开票销售额超过3万元，就需要按3%缴纳增值税交税，开具发票不到定额的，按定额缴纳。开具发票超过定额的，除定额外还是补缴超过定额部分的发票税收。
：《个体工商户个人所得税计税办法》第七条法律依据：《个体工商户个人所得税计税办法》第七条
个体工商户的生产、经营所得，以每一纳税年度的收入总额，减除成本、费用、税金、损失、其他支出以及允许弥补的以前年度亏损后的余额，为应纳税所得额。
第十五条
个体工商户下列支出不得扣除：
（一）个人所得税税款；
（二）税收滞纳金；
（三）罚金、罚款和被没收财物的损失；
（四）不符合扣除规定的捐赠支出；
（五）赞助支出；
（六）用于个人和家庭的支出；
（七）与取得生产经营收入无关的其他支出；
（八）国家税务总局规定不准扣除的支出。
个体工商户开增值税票的方式是什么
1、税务代开。当部分法人单位或个人没有开发票的资格，可以前往税务局开具发票，这就是税务代开。主管税务机关代开时，要求现场缴税，如果发票作废，税款退回流程复杂、周期长；
2、自行开票。
当企业注册完成后，就可以申请税控和发票，拥有开发票的资格。之后公司再配备电脑和针式打印机设备，就可以开始自行开票。
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法律分析：只有发生了收款或付款的应税行为，才能开具、取得发票。 所以，无论货款是否付清，只要经济业务发生，就应该开票。法律依据：《中华人民共和国发票管理办法》 第三条 本办法所称发票，是指在购销商品、提供或者接受服务以及从事其他经营活动中，开具、收取的收付款凭证。